Östersjöns vatten är bräckt vatten med låg salthalt – en unik blandning av salt havsvatten och sötvatten från älvar. Östersjön har endast en smal koppling till världshavet genom de danska sunden, och vattnets salthalt är bara cirka en femtedel av världshavens. Salthalten i vattnet minskar dessutom längre norrut, så att vattnet är nästan sött i Bottenviken och längst inne i Finska viken. Östersjön är det näst största havet med bräckt vatten i världen, bara Svarta havet är större.

Jämfört med världshaven är dock Östersjön litet och grunt med lite vatten. I Östersjön är medeldjupet bara 55 meter, men världshavens djup räknas i kilometer, och medeldjupet i Medelhavet är cirka en och en halv kilometer. Östersjöns djupaste punkt är Landsortsdjupet på 459 meter.

Östersjöns vatten byts ut långsamt genom de trånga danska sunden. Enligt beräkningar tar det cirka 30 år för hela Östersjöns vattenmängd att bytas ut. På grund av att vattnet byts ut så långsamt stannar miljögifter och näringsämnen som orsakar övergödning kvar i Östersjön under en lång tid.

Östersjöns avrinningsområde avser det landområde från vilket allt yt- och grundvatten rinner mot Östersjön. Tillståndet i övriga vattendrag i avrinningsområdet påverkar slutligen också Östersjön, eftersom näringsämnen och skadliga ämnen färdas längs åarna från sjöar till havet. Tiotals stora älvar rinner ut i Östersjön och för med sig belastning även från områden som ligger långt från kusten.

Östersjöns avrinningsområde är stort i förhållande till havets storlek, cirka fyra gånger dess yta, och därför färdas näringsämnen och annan belastning ut i havet från ett stort område. Nästan 90 miljoner människor i totalt 14 olika stater bor i avrinningsområdet. Det finns nio kuststater vid Östersjön: Finland, Sverige, Danmark, Tyskland, Polen, Litauen, Lettland, Estland och Ryssland.

Vattnet i Östersjön är skiktat efter temperatur. Kallt vatten sjunker till botten och det varmare vattenlagret ligger närmare ytan. Höststormar blandar vattenlagren och för syresatt ytvatten även djupare ner i vattnet. Östersjön är dock permanent skiktat även efter vattnets salthalt. Det salta havsvattnet som strömmar från Nordsjön är tyngre än sötvatten och sjunker ner i Östersjöbassängens botten och sänkor. På havsytan blir det däremot kvar ett lager vatten med låg salthalt som spätts ut av många älvar och av regn. Lagren av grundvatten och ytvatten skils åt av ett saltsprångskikt, en haloklin.

Stormvindarnas inverkan sträcker sig inte under haloklinen. Det syrerika ytvattnet kommer inte åt att blanda sig ända till botten och i sänkorna i Östersjön förekommer gång på gång syrelösa perioder vilka förvärras ytterligare av eutrofieringen i havet.

Syresituationen förbättras tidvis, oregelbundet cirka en gång per årtionde tack vare salthaltiga vattenströmmar, saltpulser, som för stora mängder salt och syrerikt vatten från Nordsjön ner i Östersjöns sänkor. Då det syrelösa bottenområdet är stort kan dock inte det syrerika vattnet som strömmar ner i sänkorna alltid förbättra syresituationen tillräckligt mycket på Östersjöns djupa botten. Läs mer om syrebrist.

I Östersjön lever en speciell blandning av arter som lever i salta världshav och i sötvatten. Endast få arter har dock anpassat sig till livet i bräckt vatten, eftersom vattnet är för salt för sötvattensarter och för sött för arter som bor i världshaven, och arterna lever ständigt på gränsen för sin anpassningsförmåga. Anpassning till kalla förhållanden med låg salthalt förbrukar energi och många arter från världshaven förblir också mindre i Östersjön än sina artfränder i andra hav. Marina arter är vanligast i södra Östersjön nära de danska sunden, medan sötvattensarter trivs mest i delarna med lägst salthalt i Östersjön, nära kusten.

Även om antalet arter i Östersjön är litet jämfört med andra hav, finns det många enskilda arter i Östersjön. I Östersjön är näringskedjorna enkla och därför är havets ekosystem känsligt för miljöförändringar. Om det samhället av organismer i havet bevaras så mångsidigt som möjligt, hjälper det Östersjön att bättre klara förändrade förhållanden som orsakas av till exempel varmare klimat. Läs mer om effekterna av klimatförändringen.

Det allvarligaste miljöproblemet i Östersjön är övergödning på grund av för stor näringsbelastning i havet. Även om utsläppen av näringsämnen som övergöder havet har halverats under de senaste decennierna, lider Östersjön fortfarande av synliga tecken på eutrofiering, såsom flottar av blågröna alger, grumligt vatten, en ökning av trådformiga alger och syrebrist i bottnarna. Inverkan av klimatförändringen påskyndar eutrofieringen i Östersjön ytterligare.

Uppvärmningen av havsvattnet förändrar samhällena av organismer i Östersjön och påverkar hela undervattensmiljön på många sätt. I takt med att vattnet värms upp blir det också lättare för främmande sydliga arter att bosätta sig i Östersjön, och vissa nykomlingar kan vara ett hot mot de ursprungliga arterna i vårt hav. En del av de nordliga arterna som anpassat sig till Östersjöns förhållanden kan för sin del inte anpassa sig till den snabbt framskridande förändringen. Detta leder till att havsnaturen i Östersjön förändras.

Målet för skyddsarbetet i John Nurminens Stiftelse är ett bra ekologiskt tillstånd i Östersjön, där det inte finns för mycket näringsämnen och alger i havet, det finns tillräckligt med syre på botten och växt- och djurlivet i havet är mångsidigt och livskraftigt. Även om arbetet med att skydda Östersjön ofta sker i stor skala har också den enskilda människan möjlighet att påverka Östersjöns välmående. Läs mer om skyddsmetoder.